Drugi pandemiczny szczep Vibrio cholerae z epidemii cholery z Filadelfii w 1849 roku AD 5

Większość szczepów El Tor skupia się w siódmym pandemicznym kladzie (7P), który obejmuje również szczep MO10.4,19 Przedstawiciele kladów L6 (szczep NCTC 8457), L3 (szczep 2740-80) i L5 (szczepy M66-2 i MAK757), razem z kladem 7P, tworzą kladę PG-1, podczas gdy klad PG-2 zawiera L7 (szczep V52), L1 (szczep klasyczny) i szczep PA1849. Szczep PA1849 znajduje się kilka SNP od węzła klatek L1, z silnym wsparciem bootstrap. Nasze początkowe próby datowania historii ewolucyjnej V. cholerae były utrudnione przez niezdolność do oszacowania szybkości ewolucyjnych od samych dat końcówek, nawet gdy PG-1 i PG-2 były analizowane oddzielnie. Jest to prawdopodobnie wynikiem połączenia wysycenia miejscowego i rozległej rekombinacji, która jest typowa dla V. cholerae. 1,49,20 Zidentyfikowaliśmy co najmniej 37 zdarzeń rekombinacji między PG-1 i PG-2 (Figura 3), jak a także wiele zdarzeń i zdarzeń związanych z rekombinacją wewnątrzgrupową, które spowodowały różnorodność genetyczną w PG-1 i PG-2 z nieznanych linii rodzicielskich. Taka częstotliwość rekombinacji utrudnia ustalenie, czy konkretne zdarzenia rekombinacyjne wyjaśniają niedawną przewagę szczepów El Tor.
Aby przezwyciężyć te ograniczenia, nałożyliśmy surowy zegar molekularny (1,3 × 10-3 podstawień nukleotydów na miejsce SNP na rok) w oparciu o reanalizę dużego zestawu danych El Tor.19 Przyjmując tę szybkość, szacujemy, że szczepy El Tor 7P pojawiły się w latach 1940-1957 (95% najwyższa gęstość tylna), zgodnie z wcześniejszymi szacunkami.19 Podobnie szacujemy, że przodek klasycznych szczepów powstał w latach 1843-1860, z rozbieżnościami linii wiodącej do szczepu PA1849 występującymi między 1797 a 1797 rokiem. 1813, w pobliżu czasu pierwszej rozpoznanej pandemii cholery, w 1817.21. Połączona topologia i szacunki czasowe sugerują, że pierwsze pięć pandemii cholery było spowodowanych przez V. cholerae posiadających wspólny rdzeń genomu, z których każdy reprezentował klonalne ponowne pojawienie się z niewielką liczbą genomów różnice mutacyjne.
Dyskusja
Genom PA1849 ma wiele unikalnych cech strukturalnych, ale różni się od szczepu O395 tylko kilkuset SNP w całym genomie 4-Mb. Sugeruje to, że współczesna ewolucja V. cholerae była poddawana zasadniczym selektywnym ograniczeniom od połowy XIX wieku, podobnie jak inne patogeny, które wykazują długotrwałą konserwację sekwencji genomu przez okres wieków (np. Yersinia pestis 7 i Mycobacterium leprae 22). Jedną z uderzających cech historycznego genomu PA1849 jest tandemowa konfiguracja CTX; mogłoby to wskazywać, że był zdolny do wytwarzania zakaźnych wirionów CTX, 23, które potencjalnie nadawały większą zdolność patogenetyczną.24 Dlatego sugestia, że brak wytwarzania wirionów CTX w szczepach klasycznych mógł przyczynić się do ich zastąpienia przez El Tor24, może być bezpodstawny.
[hasła pokrewne: ginekolog Warszawa Śródmieście, Warszawa USG genetyczne, difenhydramina ]

Powiązane tematy z artykułem: difenhydramina ginekolog Warszawa Śródmieście Warszawa USG genetyczne